Den allra första gången som namnet "Gdynia" nämndes var året 1253 e.Kr. På den tiden så syftade man på en liten kasjubisk fiskeby som låg i hertigdömet Pommerellen.
Oksywie, som numera är en del av Gdynia, omnämndes redan år 1209. Det var där som man byggde den första kyrkan, belägen vid den polska kusten.
Året 1380 så skänkte ägaren till byn som blev Gdynia, Peter från Rusocin, byn till cistercienserorden.
Under åren 1382–1772 så tillhörde Gdynia det cisterciensiska klostret i Oliwa. År 1789 fanns det 21 hus i byn enligt uppgifter.
Året var 1870 och byn Gdynia hade växt till omkring 1200 invånare. Gdynia var då en populär turistort med flera värdshus, restauranger, kaféer, flera tegelhus och en liten hamn med en brygga för små handelsskepp.
Efter Versaillesfreden som var år 1919 blev orten tillsammans med andra delar av det tidigare polska Pommern en del av den nya republiken Polen.